En una instalación de BDE necesitas dos cosas:
(1) Crear los Alias necesarios
(2) Instalar el BDE en la máquina donde vás a ejecutar la aplicación.
Para lo segundo (2) que parece ser donde tienes problemas, en la propia página de Inno Setup explica los pasos necesarios para instalar el BDE desde una instalación de Inno Setup:
http://www.jrsoftware.org/iskb.php?bde
Incluso si quieres crear el Alias desde la instalación de Inno, en lugar de hacerlo desde tu programa también se puede. Revisa el enlace que te he puesto arriba, en la misma página, pero un poco más abajo de donde se explica lo del BDE, está cómo crear un Alias.