La mayoría de instaladores te permiten lanzar otros ejecutables desde el propi instalador; Sólo es necesario que en tu CD consigas "meter" todo lo que quieras instalar y luego desde el instaladoo lanzar los ejecutales.
Por ejemplo, si utilizas
Inno Setup se utiliza
[Run]
http://www.jrsoftware.org/iskb.php?runbatchfile