Hola Juanelo, un gusto leerte.
Podrías intentar con hacer una pausa antes de iniciar el copiado de los archivos. También sería conveniente revisar si existen otras aplicaciones que necesiten de esas mismas DLLs.
Y un truco que podría funcionar es renombrar la DLL que ya tienes en disco antes de reemplazarla por la nueva. He visto que esto es permitido con Windows, incluso cuando la biblioteca se encuentra cargada en memoria.
Saludos.
