Hola webmasterplc.
Los archivos INI son muy simples de implementar, se pueden editar externamente a la aplicación y son portables a diferentes sistemas operativos. Mientras que el uso del registro de Windows es muy seguro, su mantenimiento es responsabilidad de windows; permite el acceso simultáneo de múltiples procesos y sus actualizaciones son atómicas.
Cita:
Empezado por webmasterplc
... quiero que sea editado solo desde la app...
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Esto último no es viable con ninguna de las dos opciones anteriores (la primera lo permite con cualquier editor y el segundo con regedit), sin embargo, si podes cifrar información. Particularmente y dado lo que comentas optaría por el registro de Windows.
Saludos