Hola,
Se me ocurre que hagas uso del registro de Windows. Cuando inicies tu aplicación compruebas si existe determinado valor o determinada clave: si existe es que no es la primera vez que tu aplicación se inicia. ¿Porqué?
Pues porque si la clave o el valor de marras no existe lo crearás en ese momento y en sucesivos inicios de tu aplicación dicha clave o dicho valor existirá, lo que te indicará que tu aplicación ya se inició previamente.
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