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Entre el SELECT y el INSERT pueden pasar milisegundos pero ya es suficiente como para encontrar registros con el mismo número.
En ese caso sólo se me ocurre que utilices transacciones y bloquees al resto de usuarios para esa operación.

A la hora de hacer el INSERT del registro, debes hacer el SELECT y el INSERT del contador, todo ello dentro de la misma transacción, de forma que se el INSERT del registro falla (por lo que sea) tampoco se actualice el contador.
Además, utilizando los diferentes tipos de ISOLATION (para la transacción) creo que puedes llegar a bloquear las lecturas del resto de usuarios para que no obtengan el mismo contador.

Si estás accediendo con ADO, en la conexión y en las consultas también puedes modificar esta característica.
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