auto increment

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El error te sale porque estas tomando y asumiendo que el valor que tienes en folio o clave de las 2 facturas que estás editando es el mismo. La clave la debes obtener hasta que ya vayas a guardar el encabezado y posteriormente pasarla al detalle. Para ello puedes hacer lo siguiente, grabas la cabecera (sin indicar la clave o folio) inmediatamente despues obtienes que número le fue asignado usando "LAST_INSERT_ID" y ya con ese número actualizas el detalle y lo guardas y listo. "LAST_INSERT_ID" te devolverá siempre el último valor autoincrementado que te asignó el motor sin importar si otros usuarios antes o después que tú hicieron lo mismo. Ojo, tienes que abrir una transacción para hacer todo esto para que si ocurre cualquier error no te quedes con una cabecera sin detalle.

En resumidas cuentas tienes que hacer toda tu operación SIN saber que clave le corresponde a la cabecera, eso lo dejas hasta el final. Al usuario si quiere le muestras el folio asignado hasta el momento en que terminas las actualizaciones a la BD, antes NO.