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semptrion Va por buen camino
Del require y del include... por si las moscas

No veo el propósito de incluir o no un archivo dependiendo de una variable. En cualquier caso, recomendaría que incluyas el archivo de todas maneras y luego si necesitas, llames a la función.

Es decir,
Código PHP:
 //inicio.php
<?
require("funcion_agregar.php");
if(isset(
$nuevo)) {
$link=funcion_agregar(); 
}
?>
Ahora, si eso te provoca problemas porque el archivo ya fue antes incluido, utiliza:
Código PHP:
  //inicio.php
<?
require_once("funcion_agregar.php");
 if(isset(
$nuevo)) {
$link=funcion_agregar(); 
}
?>
De todas maneras, no se gana nada insertando o incluyendo archivos bajo demanda. Lo más conveniente es tener un archivo con muchas (muchísimas) funciones, incluirlo al principio del script y utilizar sus funciones a discreción.

Si lo haces con require, las funciones serán compiladas juntamente con el script que invoque al archivo (en este caso inicio.php); si lo haces con include, la compilación se realiza en tiempo de ejecución.

Pero reiterando lo dicho: utiliza un único archivo de funciones (llamado desde tiempos inmemoriables libreria) y cárgalo una sola vez y punto. Así, todas las funciones contenidas en el archivo las tendrás disponibles en cualquier momento.

Y podrías hacer código como:

Código PHP:
   //inicio.php
<?php
require_once("funcion_agregar.php");

.
.
.

  
$link = ( isset( $nuevo ) ) ? funcion_agregar() : null
?>
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