Si asigne una extension a mi programa. Donde proceso al archivo al hacer doble clic?

[Ñuño Martínez]

Depende de cómo hayas configurado la entrada en el registro, esto es, de qué forma el sistema operativo le pasa al programa el nombre del archivo. Lo normal es pasarlo a través de la línea de comandos, recogiéndolo en los parámetros de "main".

/* Ejemplo de manejo de parámetros. */
#include<stdio.h>
#include<stdlib.h> /* EXIT_SUCCESS y EXIT_FAILURE. */

/* El SO. se encarga de pasar los parámetros a main.
   El parámetro 0 suele ser el ejecutable junto con su ruta. */
int main (int NumArgumentos, char *Argumentos[])
{
  int Ndx;

  for (Ndx=0; Ndx<NumArgumentos; Ndx++)
    printf ("Argumento %d: '%s'.\n", Ndx, Argumentos[Ndx]);
/* main debería devolver siempre un valor. */
  return EXIT_SUCCESS;
}

$ ./ejemplo.exe 
Argumento 0: './ejemplo.exe'.
$ ./ejemplo.exe lol ejemplo y tal
Argumento 0: './ejemplo.exe'.
Argumento 1: 'lol'.
Argumento 2: 'ejemplo'.
Argumento 3: 'y'.
Argumento 4: 'tal'.