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Una pregunta que tal vez parezca tonta...
¿Un único pixel diferente en las imágenes, debería devolver que son diferentes? O dicho de otra manera, ¿La comparación debe omitir pequeños cambios?

Si la respuesta es que deben ser "exactas", creo que comparar pixel a pixel te será más lento que calcular un CRC o HASH del fichero y compararlos.
Si la respuesta es que no (por ejemplo en aplicaciones de detección de movimiento) los métodos de comparación siguen otras técnicas un poco diferentes.
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