como puedo ejecutar alguna instruccion cuando le doy aceptar a un mensaje confirm()

[roman]

¿Por qué ajax? Ajax es un medio para mandar peticiones a un servidor web (y recibir respuesta) sin actualizar toda la página, y aunque puede ser una opción atractiva y útil, no significa que no pueda hacerse usando JavaScript tal cual:

<script type='text/javascript'>
sw = confirm('¿Desea sobreescribir el archivo?')

if (sw)
{
  location.href = 'script_para_sobreescribir.php';
}
</script>

donde script_para_sobreescribir.php podría, luego de hacer lo que tenga que hacer, puede redireccionar a la página que llama, dependiendo de qué se quiera hacer.

// Saludos