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En un principio no tiene nada que ver el utilizar un campo autoincrementado, con que te de el error de índice corrupto.
Supongo que desde excel solamente visualizas los datos, porque no es buena idea abrir una tabla Paradox desde Excel ya que si efectuas cambios no te actualiza el índice y ahí puede estar el motivo que apuntas.
Solución si solamente es esto, borra el índice manualmente abre la tabla con el DatabaseDesktop y vuelve a crearlo, existen utilerías que realizan esta función, no tienes más que buscar en Google por ejemplo.
Por otra parte lo del campo autoincremental para poner códigos no me parece buena idea, lo mejor es o guardar en una tabla el último número utilizado e incrementarlo en 1 cada vez que se de un alta, o lanzar un SQL contra la tabla en cuestión y ver cual es el último número y también sumarle uno.
Un Saludo.
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