Hola.
Esto es rarísimo, nunca había escuchado (y mucho menos visto) nada parecido.
Lo primero que tienes que hacer es actualizar a la última versión de Firebird 1.5 (o sea, Firebird 1.5.6, lo cual no representa ningún cambio para tu base de datos o tu aplicación, pero incorpora todas las correcciones de bugs hasta el presente).
Firebird viene por defecto con ForcedWrites (cualquier cambio se graba de inmediato al disco duro). Asegúrate de que nadie te lo haya cambiado por vete a saber que razón (aunque no creo que eso pueda retrasar las grabaciones durante una semana).
http://www.firebirdsql.org/manual/qsg15-safety.html
La verdad es que tiene todo el aspecto de que vuestra aplicación no está confirmando las transacciones desde las que se introducen los datos. Por eso, desde esa transacción se verían perfectamente los datos introducidos, pero desde cualquier otra transacción es como si aún no se hubiesen entrado.
Si cuando cierras todas las aplicaciones que introducen datos, entonces ya parece como si los datos se hayan grabado en disco, eso querría decir que tenéis que corregir la aplicación puesto que no está confirmando las transacciones a medida que se introducen datos.
Saludos.