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Yo creo que con la explicación de [Casimiro] ya te habrá quedado más claro, pero básicamente es que estás enfocando mal la solución para lo que tú necesitas.

Tienes una Base de Datos en versión1 y necesitas llegar a una Base de Datos versión2 con cambios en la estructura.
Tu planteamiento es:

1) Extraigo datos de la verison1 (BACKUP)
2) Copio una BD version2 sobre la BD version1
3) Restauro los datos que extraje en el punto (1)(RESTORE)

En teoría podría hacerse y digo en teoría porque se me ocurren muchas coas que pueden fallar. Pero además te estamos explicando que no es la manera correcta, sencilla y segura de hacerlo.

La forma correcta y segura es:
1) Paso un script de actualización sobre la Base de Datos de la verison1 para convertir la estructura en la version2, sin tocar los datos.

¿Cómo sería un script de actualización de la versión1 a la versión2?
Pues dependerá de lo que tengas que hacer, pero con sentencias SQL, puedes hacer todo lo que necesites; Crear, borrar y modificar talas, crear, borrar y modificar campos, indices,...

¿Cómo se genera ese script?

Se puede hacer manualmente, pero lo normal es no hacerlo manualmente (si hay muchos cambios). Tienes una Base de Datos verison1 y otra versión2, hay utilidades que te generan en script necesario para pasar de la verison1 a la version2.

¿Ejemplo de script?
Pues un ejemplo podría ser esto (en este caso crea una tabla nueva y le rellena algunos valores):

Código SQL [-]
/* Versión 6
/*--------------------------
/* HISTORIAL
/* v6.
/* Comentarios sobre el script...
/* ... */
/* ======================================================================================= */

CREATE GENERATOR CATEGORIA_ID;

CREATE TABLE CATEGORIA (
    ID   INTEGER NOT NULL,
    NOM  VARCHAR(30) CHARACTER SET NONE NOT NULL
);

COMMIT WORK;

ALTER TABLE CATEGORIA ADD CONSTRAINT PK_CATEGORIA PRIMARY KEY (ID);

/* Insertar Valores */
/* ======================================================================================= */
INSERT INTO CATEGORIA (ID, NOM)                  VALUES (1, 'Clientes');
INSERT INTO CATEGORIA (ID, NOM)                  VALUES (2, 'Articulos');
INSERT INTO CATEGORIA (ID, NOM)                  VALUES (3, 'Empleados');
INSERT INTO CATEGORIA (ID, NOM)                  VALUES (4, 'Ventas');

...
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