Fecha de entrada en vigor de VeriFactu

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O sea, una factura "normal" con su IVA base imponible y consultando a AEAT si el NIF está correcto y reconocido... Dejo emitir la factura, la imprimo y envio a VERIFACTU.
Si detecto algun dato que yo no puedo o no se controlar... puedo negarme a emitir esa factura (simpre todo hablado anteriormente con el cliente) y que trasladen esos datos a AEAT, y emitan la factura desde el SIF de AEAT... no???

No entiendo esto, como vas a negarte a emitirla si YA la has emitido (Dejo emitir la factura, la imprimo y envio a VERIFACTU.). Si te refieres a negarte a emitir la rectificación/subsanación entiendo que si que podrías (no entiendo por que razón pero sí).

Si mi aplicación es capaz de emitir facturas y poder registrar en VERIFACTU los registros que voy generando, dado un error o una subsanación ¿És o será posible efecturar esa subsanación desde otro SIF, como el de AEAT???

Deberías ser capaz si, ya que un cliente puede cambiar de SIF cuando ellos quieran, deberían poder continuar emitiendo facturas desde otro SIF (sea el de la AEAT u otro).