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Gracias Startkill. Lo he solucionado haciendo applyupdates línea a línea y te explico por qué.
El caso es que mi primera opción era lo del reconcilie, pero o no sé usarlo o a mi no me funcionaba como yo esperaba. Además ahí sólo te llegan los registros que han tenido error, pero los otros han quedado modificados en la base de datos y mi aplicación no veía los cambios, por lo que cuando iba a hacer otro applyupdates me decía que ya existía un registro con la misma id. Total que después de darle muchas vueltas opté por la solución de aplicar el applyupdates a cada línea y todo me va fenomenal. Incluso yo diría que va más rápido.
De todas formas muchas gracias por tu ayuda.
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18-01-2005
Modo Hilado