Un instalador para mis aplicaciones

[roman]

Está muy enredada tu explicación y además estás mezclando dos cosas distintas.

Por un lado tienes el problema de no poder especificar correctamente las carpetas donde se deben guardar los archivos. Recuerda que en un script de InnoSetup cuentas con la constante {app} que representa la carpeta que el usuario escoge para instalar la aplicación, así que basta que la uses en tu sección [files]:

[files]
Source: archivo.db; DestDir: "{app}\base de datos"

Por otro lado, la instalación del BDE se hace como indica Neftalí en el hilo que te puse. Entras a la página y te bajas minireg.exe y addalias.exe si es que usas alias.

// Saludos