Excluir linea cuando ambas columnas son iguales

[Ledian_Fdez]

Probaste con un where

Código SQL [-]
select id_venta,
         venta,
         CUENTAS_PAGAR = CASE WHEN (tipo <> 6 AND tipo <> 5) THEN cuentas_pagar ELSE '0.00' END,
         PAGOS = CASE WHEN (tipo = 6 OR tipo = 5) THEN costo* -1 ELSE '0.00' END
from venta
where (CUENTAS_PAGAR <> '0.00') and
         (PAGOS  <> '0.00')

Salu2,
Ledian.