listar registros que estan en una tabla que no estan en otra

[[duilioisola]]

Prueba poniendo este último where.
Lo que hace es que el join te muestra todos los registros y el where te quita los que al unir no haya encontrado un registro para la tabla periodos_calificados y por lo tanto están con un valor nulo.

Código SQL [-]
SELECT cargaacademica.id_asignatura,
       cargaacademica.id_sede,
       cargaacademica.id_jornada,
       cargaacademica.id_grado,
       cargaacademica.grupo
FROM cargaacademica

LEFT OUTER JOIN periodos_calificados

ON    cargaacademica.id_asignatura = periodos_calificados.id_asignatura and
      cargaacademica.id_sede = periodos_calificados.id_sede  and
      cargaacademica.id_jornada = periodos_calificados.id_jornada and
      cargaacademica.id_grado = periodos_calificados.id_grado and
      cargaacademica.grupo = periodos_calificados.ID_GRUPO and
      cargaacademica.ano_lectivo = periodos_calificados.ano_lectivo and
      periodos_calificados.ano_lectivo=2013 and
      periodos_calificados.id_periodo=4

WHERE
   periodos_calificados.id_asignatura is null