Cómo solventar el error de una factura rechazada y subsanación por rechazo

[espinete]

Podría alguien, por favor, decirme la forma de proceder con uno de las posibles causas de rechazo más habituales, que son las que me preocupan a priori?

Ejemplo: se genera/envía una factura pero el cliente (o el software) se equivoca en la ClaveRegimen y CalificacionOperacion, por el motivo que sea, indicando dos opciones que se contradicen entre sí.
Hacienda rechaza la factura, indicando que "no se puede indicar X si se indica Y", o lo que sea.

Bien. ¿Qué se debe hacer en este caso?
1) Subsanación con RechazoPrevio = S
2) Subsanación con RechazoPrevio = X
3) Rectificativa y punto

He probado con la opción 1, me devuelve Hacienda el Error 3002: No existe el registro de facturación
Con la opción 2 me la acepta, una vez corrijo la ClaveRegimen y CalificacionOperacion, pero no sé si es lo correcto
Con rectificativa no sé si es correcto, porque no sé si se puede rectificar una factura que Hacienda ha rechazado (por lo que no tiene constancia de que exista)

Es que por más que leo, algunos dicen que no se debería subsanar casi nunca, y otros dicen que hay cosas que sí se deben subsanar, y ya me estoy volviendo loco.
Es un lío tener que preparar el software para tantas condiciones: si es rechazada completa, si fue aceptada pero con errores, luego depende de qué error exactamente, porque unos sí pero otros no...