Firmar con AutoFirma y fichero PFX

[mmm]

Buenos días

Viendo la documentación el nodo <Signature> debe encontrarse en cada nodo de RegistroAlta o RegistroAnulacion ¿Como estáis resolviendo el poder firmar cada nodo y no el xml completo con autofirma?

Opción1. Generar diferentes xml por cada registro de facturación (RegistroAlta o RegistroAnulacion) y luego juntarlo en un único xml.
Lo he probado y da errores de validación de firma ya que añade a cada xml la cabecera
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
¿Conocéis la forma con autofirma de que no lo añada?

Opción2. Generar un único xml y firmar cada nodo de RegistroAlta o RegistroAnulacion
¿Cómo se podría hacer con autofirma?

Gracias