A fechas iguales tomar el registro mayor

[roman]

¿En qué base trabajas? En algunas bases puedes limitar los registros que regresa la consulta de manera que podría funcionarte lo del order by.

Si no, quizá te sirva así:

Código SQL [-]
select max(NumeroCOT)
from cotizaciones
where FechaCOT = (
  select max(FechaCOT) from cotizaciones
  where FechaCOT <= :FechaMovimiento
)

// Saludos