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Muy posiblemente el caracter que ves corresponde al retorno de carro. Según explica el manual de MySql, si el archivo de texto lo generas en un sistema Windows, debes especificarle a MySql que las líneas están terminadas por dos caracteres: \r\n (retorno de carro y línea nueva) ya que de lo contrario asume que- como en Unix -las líneas terminan con sólo \n y toma \r como parte del campo.
En tu consulta, después de FIELDS TERMINATED BY ';' pon
LINES TERMINATED BY '\r\n'
Para más detalles consulta el manual.
// Saludos
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