Liberar Isapi de memoria

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El problema de las ISAPI, que al mismo tiempo vino a ser su fuerte, esta en que estas se cargan en memoria, y el recurso aparece siempre en uso, por lo que no puedes reemplazarlas hasta que el recurso la libere.

Que recurso es? pues el IIS. Si reinicias el servicio de IIS podras cambiar la dll sin problemas. Esto ya no sucede en .NET gracias a los manifiestos, el versionado y las distintas mejoras que introdujeron a ese ambiente.