Perdonad que me meta, pero dejando a un lado el porque la hagamos, la rectificativa también habría que imprimirla y hacérsela llegar al cliente, puesto que se ha generado una factura a su nombre, da igual la serie.
Otra cosa seria una anulación, (*Siendo malo ABONO por operación errónea o no realizada), que no se ha enviado, dado a nadie,etc... ,Ahí si que debes generar algún documento interno que te gestione los descuadres de stock, puesto que tras la anulación esa factura no se envía a nadie, en mi caso la reimprimo con con un texto en rojo como anulada y el motivo.
Pero las rectificativas, aunque lleven su serie especifica , a la hora de gestionar el stock, movimientos y caja, se comporta igual que una factura normal, se crea a partir de las mismas tablas ,¿No?, por lo menos en mi caso es así, si rectifico una cantidad por el precio , el balance de caja, varia, si me devuelven algo, pasa otra vez al stock o sale de el.
*El problema es que le llamamos a todo ABONO, ahí esta el problema.

Son varias cosas diferentes con formas de proceder diferentes, un saludo.