Duda encadenamiento facturas rechazadas o parcialmente aceptadas

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Hola, os planteo un caso que no tengo muy claro qué se debe hacer. Haciendo pruebas con rectificativas he generado dos registros de facturación incorrectos de la misma factura rectificativa, y los dos enviados. El segundo encadenado al primero. Bien cojo el primer registro de facturación erróneo y le creo una subsanación (el xml no era correcto), y por tanto un nuevo tercer registro de facturación, encadenado al segundo, la envío y la da correcto. Ahora la pregunta es, ¿Que hago con el segundo registro de facturación erróneo? No puedo borrarlo puesto que está en el encadenamiento, no puedo mandar una subsanación puesto que ya esta subsanado, no es cosa de hacer otra rectificativa porque la factura está bien y ya enviada...lo dejo así y santas pascuas puesto que en realidad ya está arreglado en el tercer envío ???
Como estoy en pruebas, puedo arreglarlo a lo bestia, borro el registro y atpc el encadenamiento, pero si se diera en producción no tengo claro que se debería hacer...